毒性を持っていたり、在来固有種と生存環境を競合する種が指定されるが、農作物、漁業等在来固有種に直接的、間接的に悪影響をおよぼす外部からの侵入種が指定されいる。 

新しい種が新しい環境で生きるには、その環境の中に生存する他種生物と競合することが多い。動物であれば、餌をとること、植物であれば、枝・葉・根を広げ成長することを競争することです。また、外来種と固有種と交配することで「遺伝的攪乱（いでんてきかくらん）」を起こすこともあります。

特定外来生物

種名

オオキンケイギク、ミズヒマワリ、オオハンゴンソウ、

ナルトサワギク、オオカワジシャ、ボタンウキクサ、

ナガエツルノゲイトウ、ブラジルチドメグサ、アレチウリ、オオフサモ、スパルティナ・アングリカ、

ボタンウキクサ、アゾラ・クリスタータ